沿革（History）

競走馬総合研究所は、1959年（昭和34年）にJRA（日本中央競馬会）の付属機関として設立されました。当時は競走馬保健研究所の名称で、競走馬資源の確保と円滑な競馬の施行を図ることを目的としていました。この目的は現在も大きく変わることはありませんが、スポーツ科学、スポーツ障害および伝染病対応に関する研究に主眼を置くようになってきています。
また、対象を競走馬に限ることなく、生産・育成に係わる問題にまで広げて、幾多の研究成果を上げてきました。これらの成果は、トレーニング・センターや生産地、育成牧場などで応用され、役立てられています。

1959年（昭和34年）	東京都世田谷区に競走馬保健研究所を設立（庶務課、衛生課、研究課）。
1960年（昭和35年）	飼料、栄養、運動生理および病理の研究業務を馬事公苑から移管。
1962年（昭和37年）	臨床研究業務を馬事公苑から移管。衛生課を本部へ移管。
1963年（昭和38年）	研究所分室（禁止薬物検査部門）を新設。 福島県いわき市に常磐支所を設立。 装蹄研究業務を馬事公苑から移管。
1964年（昭和39年）	装蹄研究室を新設。
1965年（昭和40年）	研究所分室が財団法人（現公益財団法人）「競走馬理化学研究所」として独立。
1966年（昭和41年）	研究課を運動生理課、臨床課、防疫課の3課に改組。
1969年（昭和44年）	栃木県国分寺町（現下野市）に小金井分室（伝染病関係部門）を設立。
1970年（昭和45年）	病理解剖室を新設。 小金井分室を栃木支所に改称。
1971年（昭和46年）	保健業務課を新設。 研究課を研究1～4課の4課に改組。
1974年（昭和49年）	栃木支所に管理課、研究課を新設。
1975年（昭和50年）	常磐支所に日本初の馬のスイミングプールが完成。
1976年（昭和51年）	競走馬の育成、調教、遺伝等に関する研究業務開始。
1977年（昭和52年）	競走馬総合研究所に改称。馬場施設研究業務開始（企画調整室、庶務課（現総務課）、馬事第一～第三研究室、施設研究室、常磐支所、栃木支所（管理課、感染病研究室））。 栃木支所が家畜伝染病予防法施行規則に基づく学術研究機関に指定される。
1980年（昭和55年）	馬事第一～第三研究室を馬学、運動生理、病理、臨床の4研究室に改組。
1982年（昭和57年）	栃木支所感染病研究室を病原、疫学の2研究室に改組。 日本獣医学会賞を受賞（馬ゲタウイルス感染症の研究）。
1986年（昭和61年）	「競走馬総合研究所年報」創刊。
1988年（昭和63年）	第105回日本獣医学会を司宰。
1994年（平成  6年）	第7回国際馬伝染病会議を司宰。
1995年（平成  7年）	生命科学研究室、管理調整室（栃木支所）を新設。また、病原研究室を微生物研究室、疫学研究室が分子生物研究室に改組。
1997年（平成  9年）	宇都宮育成牧場跡地（栃木県宇都宮市）に移転。あわせて業務課、会計課を新設。
1998年（平成10年）	日高育成牧場に生産育成研究室を新設。 第125回日本獣医学会、第5回国際馬運動科学会議（ICEEP5）を司宰。
2001年（平成13年）	競走馬総合研究所ホームページを開設。
2006年（平成18年）	業務課を企画調整室に統合。
2009年（平成21年）	創立50周年式典を挙行。 第147回日本獣医学会を司宰。
2010年（平成22年）	会計課を総務課に統合。
2011年（平成23年）	生命科学研究室および施設研究室を閉鎖。
2013年（平成25年）	常磐支所創立50周年式典を挙行。
2016年（平成28年）	宇都宮から栃木支所へ研究所機能の移転および組織の統合（企画調整室、総務課、運動科学研究室、臨床医学研究室、微生物研究室、分子生物研究室）。
2017年（平成29年）	常磐支所に「競走馬リハビリテーションセンター」の呼称を付す。
2020年（令和  2年）	「赤血球凝集抑制試験による馬インフルエンザウイルスの血清学的検査」と「RT-PCR法による馬インフルエンザウイルス遺伝子の検出」の2種類の検査方法について、国際標準規格ISO/IEC17025の認定を取得。
2021年（令和  3年）	国際獣疫事務局（OIE）より馬インフルエンザのリファレンスラボラトリーに指定。
2024年（令和  6年）	「RT-PCR法による馬ヘルペスウイルス遺伝子の検出」の検査方法について、国際標準規格ISO/IEC17025の認定を取得。
2024年（令和  6年）	LABEO(フランス）およびIrish Equine Centre（アイルランド）と学術交流協定を締結。
2025年（令和  7年）	国際獣疫事務局（WOAH)より馬鼻肺炎のリファレンスラボラトリーに指定。